除了流出少量的分泌物之外，肛瘘的症状还表现在瘙痒、疼痛、瘘管排便排气、人体全身发热感染等。

瘙痒：肛瘘会导致肛门周边的皮肤因为分泌物的刺激而出现瘙痒的情况，因为每个人的体质不同，还有一部分人的肛门周边皮肤会出现湿疹；

疼痛：一般在肛瘘的瘘管堵塞时会引起疼痛感，有明显的跳痛或者是胀痛感，可通过引流来缓解；

瘘管排便排气：一些较大的高位肛瘘，因为瘘管处在肛门括约肌外的位置，所以它的肛瘘外口会出现排便排气的情况；

人体发热感染：因为瘘管外口闭合的原因导致瘘管中形成脓肿，使引流不畅就会出现人体发热和感染的情况。