东非大裂谷处于非洲板块和印度洋板块交界处，由于两个板块张裂拉伸，使得同阿拉伯古陆块相分离的大陆漂移运动而形成这个裂谷。那时候，这一地区的地壳处在大运动时期，整个区域出现抬升现象，地壳下面的地幔物质上升分流，产生巨大的张力，正是在这种张力的作用之下，地壳发生大断裂，从而形成裂谷。

东非大裂谷是世界大陆上最大的断裂带，从卫星照片上看去犹如一道巨大的伤疤。东非大裂谷素有“地球伤疤”之称。当乘飞机越过浩瀚的印度洋进入东非大陆的赤道上空时，从机窗向下俯视，地面上有一条硕大无比的“刀痕”呈现在眼前，这就是著名的“东非大裂谷”，亦称“东非大峡谷”。据美国宇宙飞船测量，大裂谷每年以几毫米到几十毫米的速度加宽。有科学家预言，如果按这样的速度继续，2亿年后，它将撕裂成一个新的大洲。这条长度相当于地球周长1/6的大裂谷，气势宏伟，景色壮观，是世界上最大的裂谷带，有人形象地将其称为“地球表皮上的一条大伤痕”。

东非大裂谷的整个形状可画成不规则三角形，该谷宽几十至二百公里、深达1000～2000米，裂谷的东支南起希雷河河口，经马拉维湖，向北纵贯东非高原中部和埃塞俄比亚高原中部，直达红海北端，全长约5800公里；西支南起马拉维湖西北端，经坦噶尼喀湖、基伍湖、蒙博托湖等，一直到苏丹境内的白尼罗河谷，全长1700多公里，是世界最长的不连续谷，由探险家约翰·华特·古格里所命名。东非大裂谷的详细地理位置以三角形的三个点来描述的话，南点在莫桑比克入海口，西北点则远到苏丹约旦河，北点则可进入死海。中间有相当多个湖泊、火山群。这条大裂谷带是一座天然储水库，集中了非洲大部分湖泊，总共有30多个。

据地质学家考察研究认为，因为这里处于非洲板块和印度洋板块交界处，大约3000万年以前，由于两个板块张裂拉伸，使得同阿拉伯古陆块相分离的大陆漂移运动而形成这个裂谷。那时候，这一地区的地壳处在大运动时期，整个区域出现抬升现象，地壳下面的地幔物质上升分流，产生巨大的张力，正是在这种张力的作用之下，地壳发生大断裂，从而形成裂谷。由于抬升运动不断的进行，地壳的断裂不断产生，地下熔岩不断的涌出，渐渐形成了高大的熔岩高原。高原上的火山则变成众多的山峰，而断裂的下陷地带则成为大裂谷的谷底，总长6400千米。

东非大裂谷下陷开始于渐新世，主要断裂运动发生在中新世，大幅度错动时期从上新世一直延续到第四纪。北段形成红海，使阿拉伯半岛与非洲大陆分离；马达加斯加岛在几条活动裂谷扩张作用下，也与非洲大陆分裂开。